Aus dem im Jahr 1960 durchgeführten Architektenwettbewerb war der aus Mähren stammende Architekt Erich Gerlich als Sieger hervorgegangen. Er ordnete die Kirche im Osten des Bauplatzes so an, dass sie von der Berchtesgadner Straße aus leicht erreichbar ist. Das Pfarrhaus entstand an der Westseite, der dazwischen entstehende Platz wurde durch einen eingeschoßigen Verbindungsbau mit Sakristei und Werktagskapelle gerahmt.
Die Kirche fasst bis zu 400 Personen und ist - nach Herrnau - die zweitgrößte Kirche im Pfarrverband.
Der 1964 begonnene Kirchenbau wurde mit der Einweihung am 22. 10.1967 durch Erzbischof Andreas Rohracher abgeschlossen.
Architekt Gerlich konzipierte einen bewusst einfach gehaltenen Hallenbau mit leicht erhöhtem Altarbezirk. Der in Weiß gehaltene lichtdurchflutete Raum wird nur durch die Stahlbetonbinder gegliedert, die Decke ist mit einer schlichten Fichtenschalung versehen.
Beiderseits des Eingangs finden sich links die Taufkapelle sowie rechts die Beichtkapelle. Auch die Gestaltung von Altar, Ambo und Taufbecken entspringt den Ideen des Architekten, sie wurden aus Untersberger Marmor gefertigt. Die bunten Glasfenster stammen vom akad. Maler Erwin Dattendorfer.
Planung und Kirchenbau fanden parallel zum Zweiten Vatikanischen Konzil statt und berücksichtigten die liturgischen Neuerungen nur bedingt. Die in zwei Reihen angeordneten Kirchenbänke steht dem Volksaltar frontal gegenüber, ein in die Mitte gerückter Altarbereich wie z.B. in der bereits 1956 geweihten Kirche "Zum Kostbaren Blut" in Parsch war noch kein Thema. Auch bei der Sanierung im Jahr 2017 wurde an dieser Grundkonzeption nichts verändert.
Der von Architekt Gerlich geplante Altarraum ist einige Stufen erhöht und umfasst einen massiven Altar aus Stein, eine Säule mit aufgesetztem Tabernakel, ein Lesepult und die Sedilien (Sitze). An der Wand hinter dem Altar hing ein großes Kreuz.
In den Jahren 1988 bis 1991 wurde der Altarraum nach einem künstlerischen Wettbewerb neu umgestaltet und präsentiert sich seit damals im heutigen Erscheinungsbild.
Die halbrunde Taufkapelle befindet sich in der Südwestecke der Kirche. Die Gestaltung des Taufsteins aus Untersberger Marmor oblag dem Architekten, die Glasfenster stammen vom akad. Maler Erwin Dattendorfer aus Salzburg.
Die Beichtkapelle ist in der Südostecke eingerichtet, die Beichtstühle schließen die Wand flächenbündig ab. Neben dem Aufgang zur Empore findet sich ein von Erwin Dattendorfer gestaltetes Glasfenster.
Die Marienstatue war von Pfarrer Wilhelm Wirsam mitgebracht worden und wurde bald nach der Weihe der Kirche aufgestellt. Es ist leider nicht bekannt, wer sie gemacht hat. Ursprünglich was in kühlem Weiß gehalten, in der Folge wurde die Statue bemalt: das Kleid in Silber, der Mantel in Gold. Auch die vielen Menschen, die sich unter ihren Mantel geflüchtet haben, leuchten in Gold.
Der Kreuzweg besteht aus 5 Bronzereliefs mit je 3 Stationen. Er wurde von Pier Ragnhild Eckhoff geschaffen und 1982 eingeweiht. Die aus Dänemark stammende Künstlerin war Anfang der 70er Jahre Schülerin bei Toni Schneider-Manzell. Der Kreuzweg schließt mit einer 15. Station ab: Vivit - er lebt!
Die geräumige Empore überspannt den Eingangsbereich sowie Tauf- und Beichtkapelle. Auch der Kirchenchor findet auf der Empore ausreichend Platz.
Die Orgel wurde von Georg Hradetzky aus Krems gebaut und am 23. August 1969 eingeweiht. Im Jahr 2021 erfolgte eine Sanierung durch die Firmen Orgelbau Peter Winkler und Orgelbau Hradetzky.
Der links vor dem Altarraum angebrachte Flügelaltar ist eine Arbeit von Bohdan Zarovsky. Der offene Altar enthält Szenen aus dem neuen Testament, im geschlossenen Zustand (Fastenzeit) sind Darstellungen aus dem alten Testament zu sehen.
Bohdan Zarovsky - ein russischer Bildhauer, geflohen aus der Ukraine - lebte viele Jahre in Salzburg, zuletzt in Gneis.
Die Werktagskapelle liegt im Verbindungsbau zum Pfarrhaus. Bei der Umgestaltung Anfang der 90er Jahre wurde sie durch das Einziehen einer Querwand verkleinert und die Ausrichtung des Altars um 90 Grad gedreht, im neu gewonnenen Raum wurde der Gneiser Weltladen eingerichtet. Die Marienstatue ist eine Nachbildung der Großarler Madonna, sie wurde im Jahr 1987 von einigen Gneiser Familien gestiftet.
Quelle: Festschrift 50 Jahre Pfarre Salzburg –Gneis St. Johannes
Der 30 m hohe Kirchturm wurde am 26. April 1966 mit dem Aufsetzen des vergoldeten Kreuzes fertig gestellt. Es dauerte aber bis 1975, bis er mit Glocken und Uhren komplettiert werden konnte. Die ersten beiden kleinen Glocken hingen in einem Holzgestell neben der Kirche. Als dann im Jahr 1975 bei der Firma Grassmayr in Innsbruck zwei große Glocken beauftragt werden konnten, wurde das Geläute in den Turm eingebaut.
1996 wurden nochmals zwei Glocken gegossen, die beiden kleineren Glocken aus der Anfangszeit wurden weiter gegeben. Die Klangfolge lautet auf F-A-C-D.
Zum 50-Jahr-Jubiliäum der Pfarre im Jahr 2017 wurden erste Schäden an der Stahlbetonsubstanz des Turms sichtbar. Immer deutlicher wurden die Rissbildungen. Als in der Glockenstube und an den vertikalen Stahlbetonlamellen stellenweise die Betonüberdeckung abplatzte und die darunter liegenden Bewehrungseisen zu korrodieren begannen, wurde eine Sanierung dringend notwendig. Die Sanierung wurde dann im Jahr 2023 von der Fa. Pondorfer aus Amlach/Tirol durchgeführt.